Juuou Mujin no Fafnir

25 anos antes do início da série, criaturas enormes conhecidas como Dragões começaram a aparecer em todo o mundo, causando destruição generalizada antes de desaparecerem. Pouco depois, nasceram humanos com poderes semelhantes aos dos Dragões e passaram a ser conhecidos como D. Atualmente, o único homem D do mundo, Yuu Mononobe, é transferido para Midgard e encontra uma garota nua, Iris Freyja, na praia. Iris o confunde com um intruso e tenta atacá-lo sem sucesso, mas depois perde a consciência devido ao tiro sair pela culatra e é salva por ele. Enquanto os dois conversam, Yuu é abordado por sua irmã, Mitsuki Mononobe, que lhe anuncia que daqui em diante ele será aluno de Midgard.

Loki diz a Yuu que é seu dever evitar que as garotas de Midgar se tornem dragões e matá-las se isso acontecer. Iris tem tido pensamentos suicidas porque está perigosamente perto de se tornar um dragão, mas Yuu a convence a pensar em viver. As meninas se preparam para o combate enquanto Leviatã se aproxima da ilha.

Enquanto as meninas lutam contra o Leviatã, os soldados da NIFL atacam Iris para impedi-la de se tornar um dragão. Yuu protege Iris derrotando os soldados usando suas armas de matéria escura. As garotas penetram a barreira com um ataque coordenado e Yuu destrói Leviatã usando o canhão Babel com Iris fornecendo matéria escura para potencializar o ataque.

Tear se matricula na Academia Midgar e reivindica Yuu como sua esposa, pois foi ele a pessoa que salvou sua vida quando um incêndio queimou sua casa.

O passado de Tear é revelado quando sua família foi morta quando um culto de dragão liderado por Kili queimou sua casa e matou seus pais. Tear se orgulha de ser um dragão porque os cultistas a consideram muito respeitada, mas Yuu convence Tear a viver como um humano em vez de um dragão. Kili chega a Midgar para iniciar um ataque para levar Tear com ela.

Kili ataca Midgar com o dragão Hecatoncheir que pode se regenerar. Enquanto Lisa cuida de Tear, ela é atacada e dominada por Kili. Querendo proteger seus amigos, Tear concorda em ir com Kili e se tornar a esposa do Basilisco. Mas Yuu convence Tear a não ir com ela enquanto ele desperta o poder do Leviatã para derrotar Kili.

Kili recua após ser derrotado por Yuu. Yuu elabora um plano para derrotar Hecatoncheir, levando-o para o mar, onde ele poderia usar Babel sem causar nenhum dano colateral a Midgar. Yuu usa uma bala antigravidade para levantar Hecantoncheir no ar e as meninas geram um vento para jogá-lo no mar. As garotas enfraquecem a barreira de Hecantoncheir e Yuu a destrói usando Babel com Tear fornecendo a matéria escura.

Com Basilisk indo em direção a Midgar, a Classe Brynhildr segue para uma ilha desabitada para afastar Basilisk de Midgar, sabendo que está atrás de Tear. No caminho para a ilha, Mitsuki e Lisa brigam por causa da morte de Miyako. Mitsuki explica seu relacionamento com Miyako para Yuu. Ela era amiga muito próxima de Miyako, mas se tornou um dragão quando o Kraken invadiu Midgar. Miyako ordenou que Mitsuki a matasse e Mitsuki obedeceu relutantemente. Com a ajuda de Yuu, Mitsuki e Lisa fazem as pazes um com o outro.