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Jack e Rowe embarcam em uma aeronave para investigar a proposta de venda ilegal de uma réplica do "pé de sereia", um objeto sagrado de Ishtar. A família real está tentando retirar essas réplicas do mercado e Jack e Rowe suspeitam que o professor Freud e sua assistente Linda sejam os vendedores. Jack e Rowe fingem a morte de seu comprador, mas Freud e Linda implementam um plano elaborado para fingir que o objeto foi roubado deles. Porém, Jack e Rowe não se deixam enganar e Linda, uma guarda-costas profissional, ataca Rowe, mas eles são derrotados e capturados.

O ator internacional e agente da Cloud 7, Moriya Kou, é sequestrado por Schwartz Stravinsky do sindicato do crime Hornet para encontrar a localização da Conferência Empest e assassinar os chefes dos departamentos de inteligência do mundo. Jack e Rowe se infiltram na sede do Hornet e libertam Moriya, mas são capturados e depois tentam causar confusão sobre o real local da conferência. Moriya é na verdade um agente duplo, e depois de ouvir Jack e Rowe se comunicarem com Cloud 7, ele sinaliza a localização para Stravinsky, que então envia suas forças para lá. No entanto, a informação está incorreta e, quando Stravinsky e suas forças chegam ao local falso, são cercados e capturados pelas tropas de Ishtar.

Jack e Rowe são apresentados ao Comandante Camille e solicitados a escoltar Noelle Adelaide, uma das candidatas rejeitadas a "Princesa de 15 anos", de volta à Ilha do Marfim no máximo sigilo para evitar a mídia. Na viagem de trem para a ilha, eles encontram Drisden, o rude diretor da mineradora Ivorystone. Noelle revela que seu avô é o zelador da icônica torre do relógio da ilha, que foi danificada por uma tempestade recente e que a ilha não tem financiamento para repará-la. Jack e Rowe depositam Noelle na estação ferroviária, mas ela retorna à capital e começa a se apresentar para arrecadar dinheiro para a torre do relógio da ilha.

O ator Eric O'Connell é morto pelo atirador Gray F. Stratos, conhecido como Tear Drop, enquanto estava a bordo de um navio de cruzeiro. Por coincidência, Rowe encontra a filha de Stratos, Leila, em uma fonte da cidade e a leva para a sede da Cloud. Dez planta um inseto embaixo de sua xícara e quando ela volta para casa, Cloud 7 descobre que o alvo de Gray estará em um banquete. No entanto, sua filha Leila e Claire são capturadas. No banquete, Jack e Rowe descobrem que são os alvos, mas evitam levar um tiro. Eles determinam que o empregador de Gray é o chefe do crime Dice, que sequestrou Leila e Claire, e Jack vai resgatá-los enquanto Rowe vai atrás de Gray.

Após uma explosão em uma instalação de mineração, a empresa DTI anuncia que ela foi causada por um mau funcionamento em um sistema de refrigeração. Jack e Rowe recebem uma denúncia de Mark/Margaret de que a explosão foi deliberada, então o carro do diretor executivo do DTI, Taylor, é bombardeado e Cloud 7 suspeita do homem-bomba chamado Angel. Eles são designados para investigar, mas Frost, Diretor da Divisão de Gerenciamento de Informações do DTI, diz que eles mesmos cuidarão do assunto. Mesmo assim, eles examinam uma nota de ameaça de bomba, que Claudia, executiva do DTI, sugere significar domingo à meia-noite. Jack revela a Rowe que ele e Claudia eram parceiros há alguns anos, mas suspeita que ela seja a responsável pelo ataque. Ela admite seu ataque ao DTI por causa de suas práticas sem princípios, mas é morta a tiros por um de seus agentes.

Uma bomba explode em uma torre do palácio real e o duque regente Rand anuncia falsamente que foi causada por uma falha elétrica. A Comandante Camille repreende Cloud 7 por não prender Angel e evitar o bombardeio. Jack e Rowe examinam uma canção infantil da Ilha do Marfim que parece fornecer pistas sobre os atentados e viajam para a ilha. Ao expulsar Drisden da taverna de Tola, Jack e Rowe encontram Noelle novamente. Eles percebem que Ishtar e DTI obtêm todos os lucros da mineração de Ivorystone, deixando os ilhéus apenas com seus salários para sustentá-los. Enquanto isso, o duque regente Rand percebe que Noelle é realmente o príncipe de 15 anos, e as tropas Istar tentam capturá-la. Jack e Rowe lutam contra eles e Camille pousa na ilha e reconhece Noelle como a princesa.

Jack e Rowe são designados para lidar com Stephen Vincent, um mensageiro do sindicato do crime, enquanto Noelle é transferida para o palácio real. Os dois agentes também observam que Noelle também é conhecida como Angel, e os bombardeios cessaram desde que ela se mudou para Ishtar. Enquanto isso, Jack e Rowe rastreiam Stephen Vincent e tentam recuperar a Midnight Sun Emerald em sua posse. Eles transmitem detalhes por todo o palácio, o que ajuda a prender seu cúmplice Dent, quando ele marca um encontro com Stephen Vincent para pegar a joia. Ele é capturado por Jack e Rowe, porém sua namorada Matilda realmente está com a joia, e com a ajuda de Claire eles a prendem também.

Claire se disfarça de Noelle em um jogo de beisebol para que Jack possa levar Noelle para um passeio. Enquanto isso, Rowe fica preso com um grupo de passageiros em um teleférico com o pai diabético do grande jogador, Maurice Butterfield. Através de um grande esforço de equipe, Rowe e os passageiros conseguem recuperar um pacote médico enviado ao longo do cabo e salvar o doente, além de desarmar uma bomba no teleférico.