Entra Tadayasu, um estudante universitário calouro que pode ver e conversar com bactérias chibi fofas e outros organismos microscópicos. Mas nem tudo é diversão e jogos como parece, porque isso o coloca em todos os tipos de problemas. Junte-se a Tadayasu em seu primeiro ano na Universidade de Agricultura. Que acontecimentos malucos o aguardam?
Tadayasu Souemon Sawaki é o principal protagonista de Moyashimon e frequenta uma universidade agrícola em Tóquio quando é calouro. Seu nome do meio é o yagō da casa de sua família; geralmente é omitido e ele é chamado de "Tadayasu Sawaki". Ele é amigo de infância de Kei Yuuki e s…
Haruka Hasegawa é uma estudante de pós-graduação. Ela usa um jaleco sobre roupas reveladoras. Ela é uma mulher violenta e um tanto sádica, de uma família rica e superprotetora. Sua família arranjou um casamento para ela, contra sua vontade. No entanto, ela não precisa se casar at…
Kei é amigo de infância de Sawaki e, assim como ele, calouro. Seus pais administram uma cervejaria de saquê (tornando-os clientes do molde inicial dos pais de Sawaki).
O professor Itsuki é um professor excêntrico da Universidade de Agricultura de Tóquio e conhecido da família de Sawaki, que conhece sua habilidade. Sua idade é um mistério, mas há relatos de suas obras desde a Segunda Guerra Mundial.
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